L’église dite portugaise, sise au pied de la porte sud de la sqala de la kasbah, est construite fort probablement lors de l’installation de la mission franciscaine en 1769 (d’après les archives espagnols) par les premiers négociants européens installés dans la cité. L’église est abandonnée en 1936 suite à la construction d’une église extra-muros.

Située au fond d’une impasse en partie couverte, l’église, dite aussi franciscaine, est accolée à l’ancienne consulat portugais (actuellement une propriété privée).

Sa façade et son entrée principale sont étroitement englobées dans le tissu historique adjacent. La porte d’entrée, richement décorée, en pierre de taille, est encadrée par deux pilastres avec chapiteaux. Au-dessus de la porte, une fenêtre de forme ogivale éclaire la salle de prière située au premier étage. Le vestibule coudé se compose de deux parties essentielles. La première, à droite, est munie de deux arcades aveugles surmontant deux doukkana (banquettes) ; la seconde, à gauche, est dotée de trois piliers de section carrée et un escalier desservant les niveaux supérieurs.   

L’église s’organise autour d’une cour centrale carrée et se compose de trois niveaux :

Le rez-de-chaussée est occupé par six pièces,  utilisées autrefois comme entrepôt, plus larges que profondes. Le mode de couverture de ces pièces est un plafond plat appelé tasyout (assemblage de baguettes de bois minces posées sur des poutres espacées d’environ 45 cm).

Le premier étage est desservi par un escalier de 18 marches faites en bois. Il se compose d’une salle de prière à nef unique orientée Est-Ouest (15,42m de long sur 5,5m de large). Les quatre galeries de l’étage sont entourées de pièces utilisées autrefois comme logements. Au troisième niveau (terrasse), trois pièces d’habitation délimitent le côté Ouest tandis qu’au Sud-Ouest est placée la tour (7,8m de haut) constituée de deux parties : la première (inférieure) est rectangulaire, la seconde (supérieure) est de forme cylindrique. L’ensemble est surmonté d’une coupole en demi-sphère qui abritait autrefois les cloches.

Une toiture de tuiles à pentes courbées évoque de façon évidente la morphologie des anciennes églises portugaises et fait la jonction entre la partie rectangulaire de la tour, le couronnement cylindrique et la coupole.